《火影忍者》动画版自2002年首播，至2017年完结，共计720集。以下是《火影忍者》动画版的全剧情大目录：
第一部分：基础篇（2002年-2004年） 1. 第一集：忍者的世界 2. 第二集：漩涡鸣人的梦想 3. 第三集：九尾妖狐的袭击 4. 第四集：鸣人的忍者学校生活 5. 第五集：初遇宇智波佐助 6. 第六集：木叶隐村的历史 7. 第七集：鸣人的老师 8. 第八集：中忍考试 9. 第九集：中忍考试（上） 10. 第十集：中忍考试（下） 11. 第十一集：中忍考试结果 12. 第十二集：鸣人与佐助的友情 13. 第十三集：宇智波一族的悲剧 14. 第十四集：木叶隐村的危机 15. 第十五集：火影的考验 16. 第十六集：木叶隐村的守护者 17. 第十七集：忍者的使命 18. 第十八集：忍者的荣耀 19. 第十九集：忍者之间的对决 20. 第二十集：忍者世界的和平
第二部分：忍者之路篇（2004年-2006年） 21. 第二十一集：新忍者的挑战 22.